Tháng 5/1977 Nguyễn Quân là sinh viên tốt nghiệp loại giỏi của trường Đại học Bách Khoa Hà Nội và được giữ lại làm Giảng viên.

Từ tháng 12/1980 đến tháng 1/1983: Ông nhập ngũ trở thành chiến sỹ rồi trợ lý kỹ thuật Bộ Tư lệnh Quân chủng Không quân.

Tháng 2/1983 hết kỳ hạn tham gia quân ngũ, ông quay lại làm giảng viên Trường Đại học Bách khoa Hà Nội, đến năm 1986 được cử đi nghiên cứu sinh cao học tại Viện Công nghệ châu Á. Năm 1989 sau khi tốt nghiệp về nước được nhận chức Phó Trưởng Khoa.

Từ tháng 5/1999 bắt đầu thăng tiến, trở thành Trưởng phòng Tổ chức cán bộ, rồi Phó Hiệu trưởng Thường trực, Ủy viên Ban Thường vụ Đảng ủy Trường Đại học Bách khoa Hà Nội.